Eldflugornas grav är en film om den japanska civilbefolkningens situation i slutet av andra världskriget. Vi ser kriget genom två syskons ögon. Kriget ställs i kontrast till vardagens rikedom som dock finns även i katastrofen.
Seita och hans lillasyster Setsuko lever i slutet av andra världskriget. När deras mor dör i ett bombanfall – fadern är ute i kriget – flyttar de in hos en avlägsen släkting. Dödsfaran hänger ständigt över dem. Deras släkting visar ingen större vilja att hjälpa, så Seita och Setsuko bygger sig ett eget litet hem i ett övergivet skyddsrum vid en sjö. Först verkar det hoppfullt, men snart blir mat allt svårare att få tag på.
En animerad krigsfilm sticker ut, kanske för att filmer om krig ofta vill visa förstörelse medan animation i regel har för avsikt att försköna. Den vackra animationen ihop med det tunga ämnet är förutsättningen för att synliggöra filmens kärna: att visa den vardagliga skönhet som krig berövar människan.