Nordkorea förbjuder alla malaysiska medborgare att lämna landet, rapporterar statliga medier.
Malaysia svarar med att hindra Nordkoreas ambassadsanställda från att lämna landet.
De två länderna har tidigare haft en nära relation, men giftmordet på Nordkoreas diktator Kim Jong-Uns halvbror Kim Jong-Nam har utlöst en diplomatisk kris.
"Alla malaysier i Nordkorea kommer tillfälligt vara förbjudna att lämna landet fram till att händelsen i Malaysia är helt löst", meddelar det nordkoreanska utrikesdepartementet enligt den statliga nyhetsbyrån KCNA.
"Ingen anställd vid Nordkoreas ambassad tillåts lämna landet", meddelar Malaysia som ett snabbt svar.
"Motbjudande åtgärd"
Malaysias premiärminister Najib Razak uppmanar Nordkorea att omedelbart släppa ut alla malaysier ur landet.
"Denna motbjudande åtgärd, att i praktiken hålla våra medborgare gisslan, går helt emot internationella lagar och diplomatiska normer", säger han i ett uttalande.
Han säger också att han har instruerat polisen att hindra alla nordkoreanska medborgare från att lämna landet.
Polisen i Malaysia spärrade sedan av ambassaden och hindrade de anställda att komma ut.
Enligt myndigheterna kommer personalen inte få lämna byggnaden förrän de har identifierats.
Brist på bevis
Sydkorea har lagt skulden för mordet på Nordkorea, och Malaysia har velat förhöra flera nordkoreaner, men den enda som har gripits har sedan släppts på grund av brist på bevis.
Upp till tre män som Malaysia vill förhöra med anledning av mordet uppges gömma sig på Nordkoreas ambassad i Kuala Lumpur.
- Hur mycket längre vill de gömma sig på ambassaden? Det är en tidsfråga innan de kommer ut, säger polischefen Khalid Abu vid en presskonferens.
Han säger att nordkoreanska myndigheter inte samarbetar med utredarna.
(TT-AFP)